Le service de biologie moléculaire assure la mise en œuvre de techniques moléculaires pour l’analyse et la caractérisation de la biodiversité. Nous avons une longue expérience de l’utilisation d’ADN environnemental (ADNe) extrait à partir de diverses matrices environnementales (e.g. eau, sol, sédiments, fèces, pollen).
Nous mettons en pratique les méthodes suivantes :
- Métabarcoding (identification de communautés d’espèces)
- Métagénomique (analyse des génomes à partir d’une matrice environnementale)
- Barcoding moléculaire (identification génétique d’un spécimen)
- Genome skimming (séquençage peu profond typiquement utilisé pour la reconstruction de génomes mitochondriaux)
Les techniques utilisées :
- Préparation et analyse d’ADN/ARN (dosage, extraction, PCR)
- Préparation de librairies pour le séquençage haut débit
- Analyses de détection et quantification spécifique ou génétique par dPCR
- …
Le service de bioinformatique est dédié aux activités suivantes :
- Développement d’outils informatiques pour l’analyse de données biologiques
- Développement de procédures de traitement automatisé des données biologiques
- Traitement et analyse des données de séquençage ADN, en particulier des données de métabarcoding
- Assemblage de génomes par genome skimming (e.g. assemblage de mitogénomes)
- Analyse de séquençage de première génération
- Génotypage de microsatellites
- Conseil et assistance des personnels et étudiants dans l’analyse des données
- Formations régulières en informatique (systèmes Unix, clusters de calcul, R Markdown) et bioinformatique (analyse de données de métabarcoding ADN)
- Organisation de la mise en forme et du stockage de données biologiques
Les collections biologiques du CRBE sont au service des projets de recherche de l’unité. Elles permettent la sécurisation, la pérennisation et la gestion efficace des échantillons acquis depuis 1985 dans le cadre des multiples projets de recherche. Nous accompagnons le travail de recherche en rendant les échantillons rapidement accessibles et répondons aux contraintes de la loi 2016 pour la reconquête de la biodiversité (archivage et traçabilité des échantillons biologiques pour une période de 20 ans). Cette collection est composée de plus de 200 000 échantillons (animaux, végétaux, champignons, micro-organismes) qui incluent spécimens, tissus et ADN.
La base de données des collections biologiques est consultable ici.
Le service de microbiologie contribue à des projets de développement technologique avec des équipes travaillant sur la diversité microbienne des populations naturelles en relation avec les mécanismes moléculaires expliquant cette diversité. Ce service permet également de mettre en place des protocoles expérimentaux pour la caractérisation des microorganismes. Les principales activités de ce plateau sont les suivantes :
- Culture, isolement et mise en collection de bactéries et champignons
- Cinétiques bactériennes (de croissance et d’infestation)
- Quantification (haut-débit et cytométrie)
- Phénotypage à haut débit
- Laboratoire de confinement L2 pour la manipulation sécurisée d’échantillons
